Po raz pierwszy Błażkowa wymieniona jest w dokumencie z 1353 r. Została wtedy nadana przez króla Kazimierza Wielkiego trzem braciom, bojarom ruskim: Piotrowi, Chodkowi i Ostaszkowi, synom Iwana w nagrodę za zasługi położone w walkach na Rusi. W 1360 r. otrzymała prawo niemieckie. W 1437 r. właścielem wsi był Andrzej Czuryło podkomorzy halicki. W 1581 r. pozostaje nadal wśród włości Czuryłów.
W okresie od XIV do XVIII w. Błażkowa należała do parafii Brzostek. Dokument z 1595 r. mówi, że była tu również kaplica mszalna na pagórku na przeciw „Starego Dworu”, która prawdopodobnie została spalona przez wojska szwedzkie. Istnienie kościoła potwierdziły znaleziska kości ludzkich i krzyż żelazny, bardzo prymitywnej roboty znalezione przed 80 laty, który miał być krzyżem z dzwonnicy kościoła. Krzyż ten obecnie znajduje się w muzeum w Jaśle.
Utrudniony dostęp do Brzostku, brak przejazdu przez Wisłokę, spowodował przyłączenie Błażkowej do parafii Brzyska, do której należała do usamodzielnienia się tj. do 1982 r. Staraniem ks. Jana Młynarczyka, wikariusza parafii Brzyska, otwarto w Błażkowej 03.05.1971 r. kaplicę dojazdową. Ta chwila ożywiła pragnienie wybudowania kościoła, który będzie służył następnym pokoleniom.
Projekt kościoła i plebani wykonał architekt z Nowego Sącza inż. Czesław Biały przy współpracy inżynierów konstruktorów: E. Fitzke, R. Loegler i J. Szczudło.
15.05.1980 r. bp. Stanisław Jakiel poświęcił plac pod budowę. Prace budowlane prowadził Józef Zając z Harklowej pod kierownictwem Tadeusza Twardusia z Jasła, a nadzorował Jan Stanula z Łask.
W dniu 16.08.1981 r. bp Ignacy Tokarczuk, Ordynariusz Przemyski, poświęcił kamień węgielny, a 20.06.1982 r. poświęcił kościół i plebanię oraz erygował parafię pod wezwaniem Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Pierwszym proboszczem został ks. Gerard Stanula. Wystrój wnętrza kościoła: polichromia, witraże, meble projektował inż. Aleksander Jurkiewicz z Krakowa. Polichromię wykonał projektant ze swoim zespołem malarzy, a meble wykonał miejscowy stolarz Aleksander Szczepanik razem z rzeźbiarzem Andrzejem Smoleniem z Brzostku. W dniu 18.08.1986 r. bp. Stefan Moskwa konsekrował kościół i dzwony.
Jubileuszowa eucharystię w dniu 19 czerwca 2022r. sprawował ks. biskup Edward Białogłowski